В кишечнике конечные продукты пищеварения (переваривания) «очищаются» в результате кишечной абсорбции: они удаляются клетками слизистой, обычно при помощи активных насосов, и попадают в кровеносное русло. Нечто подобное происходит и в лизосомах. Различные мелкие молекулы, образовавшиеся в процессе переваривания, диффундируют или переносятся через лизосомальную мембрану в цитоплазму, где их используют метаболические системы клетки. Вполне вероятно, что очищение лизосом происходит не. без участия специальных систем переносчиков, расположенных в мембране, но они пока не охарактеризованы.
Но что случается, если переваривания не происходит или оно неполное и не достигает той стадии, на которой его продукты могут быть очищены? Что, к примеру, происходит, если клетки захватывают устойчивый к перевариванию материал или если они страдают какой-либо недостаточностью пищеварения?
У большинства простейших организмов и низших беспозвоночных подобные ситуации не вызывают особых последствий, так как их клетки обладают способностью избавляться от содержимого своих старых лизосом, попросту выбрасывая его в окружающую среду. Этот процесс, образно названный клеточной «дефекацией» (очищением), зависит от экзоцитоза. У высших животных многие клетки, вернее большая их часть, по-видимому, неспособны опорожнять свои лизосомы таким образом. Они, так сказать, находятся в состоянии хронического «запора». Как мы увидим дальше, именно этот серьезный недостаток лежит в основе многочисленных патологических состояний, связанных с перегрузкой лизосом. Альтернатива, к сожалению, столь же плоха, а возможно даже хуже, что следует из патологии: выброс содержимого лизосомы в окружающие ткани вызывает значительное повреждение внеклеточных структур ферментами лизосом, которые выходят вместе с непереваренными остатками. Можно предположить, что описанное клеточное опорожнение подавлялось в ходе естественного отбора, в результате чего эволюция развивалась в направлении все большей многоклеточной организации.